Sebagai respons, President Theodore Roosevelt memberikan persetujuan diam-diam terhadap gerakan kemerdekaan Panama, yang sebagian besar digagas oleh Philippe-Jean Bunau-Varilla dan perusahaan kanal miliknya. Pada 3 November, sekelompok warga Panama mengeluarkan deklarasi kemerdekaan dari Kolombia. Perusahaan kereta api yang dikelola AS menarik kereta-keretanya dari stasiun ujung utara di Colon.

Sehingga, pasukan Kolombia yang dikirim untuk memadamkan pemberontakan tersebut terpaksa tertahan di sana. Pasukan Kolombia lainnya juga tidak melanjutkan perjalanan ke Panama akibat kedatangan kapal perang AS, Nashville.

Kemudian, pada 6 November, AS mengakui Republik Panama, dan pada 18 November, Perjanjian Hay-Bunau-Varilla ditandatangani dengan Panama, yang memberikan hak penguasaan eksklusif dan permanen atas Zona Terusan Panama kepada AS. Sebagai pengganti, Panama menerima US$ 10 juta (Rp 178,3 miliar) dan anuitas sebesar US$ 250,000 (Rp 4,4 miliar) yang mulai dibayarkan sembilan tahun kemudian.

Perjanjian tersebut dinegosiasi oleh Menteri Luar Negeri AS, John Hay dan Bunau-Varilla yang telah diberi kewenangan penuh untuk bernegosiasi atas nama Panama. Tak lama dari situ, perjanjian tersebut dikecam banyak warga Panama sebagai pelanggaran terhadap kedaulatan nasional baru negara mereka.

Lalu, pada 1906, para insinyur Amerika memutuskan untuk membangun terusan dengan pintu air. Tiga tahun berikutnya dihabiskan untuk mengembangkan fasilitas konstruksi serta memberantas penyakit tropis di kawasan tersebut. Di 1909, pembangunan resmi pun dimulai. Dalam salah satu proyek konstruksi terbesar sepanjang masa, para insinyur AS memindahkan hampir 183,5 juta meter kubik tanah.

Proyek ini menghabiskan hampir US$ 400 juta (RP 7,137 triliun) untuk membangun terusan sepanjang 64,3 kilometer (atau 82 kilometer jika memperhitungkan dasar laut yang diperdalam di kedua ujung kanal). Akhirnya, pada 15 Agustus 1914, Terusan Panama dibuka untuk lalu lintas.

Panama kemudian berupaya untuk membatalkan Perjanjian Hay-Bunau-Varilla dan pada 1977, presiden AS Jimmy Carter dan diktator Panama Omar Torrijos menandatangani perjanjian untuk menyerahkan terusan tersebut kepada Panama pada akhir abad ini. Penyerahan secara damai berlangsung pada tengah hari tanggal 31 Desember 1999.